Согласно член 3 од Одлука за внатрешна организацијата на Град Скопје, Градската администрација се организира во следните сектори, одделенија и Територијална противпожарна единица на Градот Скопје:

• Одделение за управување со човечки ресурси;

• Одделение за буџетска координација
• Одделение за буџетска контрола;
• Одделение за сметководство и плаќања; 
• Одделение за утврдување и наплата на данок на промет, наследство и подарок; 
• Одделение за утврдување и наплата на данок на имот;
• Одделение за утврдување и наплата на даноци, такси и други надоместоци;
• Одделение за присилна наплата, прием, издавање, заверка на документи за даноци, такси и други надоместоци.           
   
   

• Одделение за норматива;
• Одделение за правна заштита.

• Одделение за планирање на локалниот економски развој;
• Одделние за занаетчиство, угостителство и трговија;
• Одделение за туризам;
• Одделение за Eнергетика, енергетска ефикасност и обновливи извори на енергија.  

4. Сектор за планирање и уредување на просторот

• Одделение за просторно и урбанистичко планирање;
• Одделение за уредување градежно земјиште;
• Одделение за изградба на инфраструктурни и капитални објекти;
• Одделение за подготвителни работи, недвижен имот и постапка за експропријација на недвижности;
• Одделение за комерцијални (капитални) објекти;
• Одделение за техничка документација;
• Одделение за имотно правни работи;
• Одделение за урбана опрама;    
• Одделение за проценка на недвижен имот.

• Одделение за комунални работи од областа на водоснабдувањето и одведувањето на урбаните отпадни води;
• Одделение за комунални работи од областа на комуналната хигиена и други работи;
• Одделение за комунални работи од областа на  одржување и користење на паркови и зеленило;
• Одделение за категоризација, нумерирање и именување на инфраструктурни објекти.

• Одделение за планирање и развој на сообраќајот;
• Одделение за контрола на сообраќајна сигнализација и утврдени режими на сообраќај;
• Одделение за издавање лиценци и дозволи во областа на сообраќајот;
• Одделение за јавен превоз - мониторинг и контрола.

 7. Сектор јавни дејности

• Одделение за спорт;
• Одделение за култура;
• Одделение за социјална, детска и здравствена заштита.

8. Сектор за образование

• Одделение за образование;
• Одделение за поддршка на процесите во образованието. 

9. Сектор за заштита на животната средина и природата

• Одделение за квалитетот на амбиентниот воздух, адаптација и намалување на климатски промени, заштита од бучава и нејонизирачко зрачење;
• Одделение за  заштита на природата;
• Одделение за заштита и спречување од загадување на водата и земјиштето;
• Одделение за стратешко управување со животната средина.  

• Одделение за меѓународна соработка;
• Одделение за соработка и поддршка на здруженија и фондации;
• Одделение за европска интеграција. 

• Одделение за развој на информациониот систем на Град Скопје;
• Одделение за географски информационен систем (ГИС);
• Одделение за информатичко-комуникациската инфраструктура.

• Одделение за координација на активностите на градоначалникот;
• Одделение за односи со јавноста и информации за граѓаните.

• Одделение за организација на седници на Советот на Град Скопје;
• Одделение за поддршка на комисиите и Координативното тело на градоначалници.

• Одделение за јавни набавки;
• Одделение за стручни и стручно-административни работи;
• Одделение за преведување и лекторирање;
• Одделение за помошни работи.

• Одделение за комунална инспекција;
• Одделение за комунални редари; 
• Одделение за инспекција за патен сообраќај и инспекција за патишта;
• Одделение за даночна инспекција и инспекција за наплата на комунални и други такси;
• Одделение за инспекциски надзор над вршењето на работите од другите надлежности на Градот Скопје.

16. Сектор за внатрешна ревизија

• Одделение за внатрешна ревизија на администрацијата на Град Скопје;
• Одделение за внатрешна ревизија на јавните претпријатија основани од Град Скопје;
• Одделение за внатрешна ревизија на јавните установи основани од Град Скопје.

17. Сектор за заштита и спасување 

• Одделение за заштита и спасување и административна поддршка на Територијална противпожарна единица на Град Скопје (БППЗ);
• Територијална противпожарна единица на Град Скопје (БППЗ).