Në pajtim me nenin 6 të Vendimit për organizimin,qarkoren dhe mënyrën e realizimit të detyrave në administratën e Qytetit të Shkupit, administrata e Qytetit organizohet në këta sektorë, seksionet dhe njësia territoriale zjarrлfikëse e Qytetit të Shkupit:
Sekretari i Qytetit të Shkupit
Sektori për financа
-
Seksioni i planifikimit të buxhetit;
-
Seksioni për realizimin e buxhetit;
-
Seksioni për përcaktimin dhe pagimin e tatimeve, taksave, si dhe kompensimieve të tjera;
-
Seksioni për kontabilitetin materialo-financia.
Sektori për punë juridike
-
Seksioni për normativat;
-
Seksioni për mbrojtje juridike;
-
Seksioni për pasuri të patundshme dhe procedurë për ekspropriimin e pasurive të atundshme;
-
Seksioni për mbështetjen e Këshillit të Qytetit të Shkupit dhe trupin kordinues të kryetarëve të komunave.
Sektori për zhvillim ekonomik lokal
-
Seksioni për planifikimin e zhvillimit ekonomik lokal;
-
Seksioni për artizanatet, hotelierinë dhe tregëtinë;
-
Seksioni për turizëm.
Sektori për planifikimin dhe rregullimin e terrtorit
Sektori për punë komunale
-
Seksioni për punë komunale nga fusha e furnizimit me ujë, si dhe sistemimin e ujërave të zeza urbane;
-
Seksioni për punë komunale nga fusha e higjienës komunale, si dhe mirëmbajtjen dhe shfrytëzimin e parqeve dhe gjelbërimit;
-
Seksioni për punë të tjera komunale.
Sektori për qarkullim
-
Seksioni për planifikimin dhe zhvillimin e qarkullimit;
-
Seksioni për kontrollin e sinjalizimeve të qarkullimit, si dhe për regjimet e përcaktuara të qarkullimit;
-
Seksioni për nxjerrjen e licencave dhe lejeve në fushën e qarkullimit.
Sektori për punë publike
- Seksioni për arsim;
-
Seksioni për sport;
-
Seksioni për kulturë;
-
Seksioni për mbrojtje sociale, të fëmijëve dhe shëndetit.
Sektori për mbrojtjen e ambientit jetësor dhe natyrës
-
Seksioni për kualitetin e ajrit rrethues, mbrojtja nga zhurmat dhe nga rrezatimi i brendshëm;
-
Seksioni për mbrojtjen dhe parandalimin e ndotjes së ujrave, tokës dhe mbrojtjen e natyrës.
Sektori për bashkëpunim ndërkombëtar dhe bashkëpunim dhe mbështetje të organizatave qytetare dhe fondacioneve
Sektori i teknologjive informatike dhe modernizimit
-
Seksioni për zhvillimin e sistemit të informacionit të Qytetit të Shkupit;
-
Seksioni për sistemin e informacionit gjeografik(GIS);
-
Seksioni për infrastrukturën informatike-komunikative.
Sektori për mbështetje të kryebashkiaut
-
Seksioni për koordinimin e aktiviteteve të kryebashkiakut;
-
Seksioni për marrëdhënie me publikun dhe informata për qytetarët.
Sektori për punë të përgjithshme
-
Seksioni për resurse njerëzore;
-
Seksioni për furnizim publik;
-
Seksioni për punë profesionale dhe administrative-profesionale;
-
Seksioni për punë ndihmëse.
Sektori – Inspektoriati i Qytetit të Shkupit
-
Seksioni për inspektim komunal;
-
Seksioni i inspektimit për qarkullim rrugor dhe inspeksioni për rrugët;
-
Seksioni për inspektim tatimor dhe inspeksion për taksa komunale dhe të tjera;
-
Seksioni për inspektim mbikqyrës mbi kryerjen e punëve nga sektorë të tjerë të Qytetit të Shkupit.
Njësia territoriale zjarrfikëse e Qytetit të Shkupit
Përveç sektorëve, seksioneve dhe njësisë territoriale të zjarrëfikësve të Qytetit të Shkupit, në kuadër të administratës së qytetit, në nivel të përmbaruesit autonom, funksionon Revizor i brendshëm.